目的:建立直肠癌的蛋白质相互作用网络,并分析直肠癌方剂的组方规律,从基因蛋白质角度对接。方法:收集并筛选《肿瘤方剂大辞典》中主治直肠癌的方剂,录入中医传承辅助系统,利用改进互信息法、复杂系统熵聚类、无监督的熵层次聚类等无监督数据挖掘方法,分析直肠癌方剂的组方规律。结果:对筛选出的125首治疗直肠癌的方剂进行分析,确定处方中药物出现的频次,演化得到核心组合32个,新处方16个。结论:应用数据挖掘方法总结直肠癌方剂组成,可以发现组方规律,为临床用药提供依据。